조국 법무부 장관 후보자 일가가 운영하는 사학재단 웅동학원은 2007년 조 후보자 동생 부부로부터 제기된 채권 청구 소송에서 한 번도 변론하지 않고 패소해 51억원을 조 후보자 동생 부부에게 줘야 하는 의무를 지게 됐다. 그런데 당시 웅동학원이 소송을 당한 직후 재단의 법무(法務)를 담당하는 자리에 조 후보자 동생을 앉혔던 것으로 28일 확인됐다. 조 후보자 동생은 자기가 소송을 걸고, 스스로 소송 상대방이 된 '셀프 소송'을 했던 셈이다. 이 기간 조 후보자는 재단의 이사였고, 실제로 이사회에도 최소 두 차례 참석한 것으로 회의록에는 나온다.
28일 국회 윤한홍(자유한국당) 의원이 경남도교육청에서 제출받은 웅동학원 이사회 회의록을 보면, 웅동학원은 2006년 11월 10일 이사회를 열었다. 이 자리에서 이사장이었던 조 후보자 부친은 "이사장을 대신하여 법원 및 부동산 관련 업무를 주로 담당할 신임 법인 사무국장에 본인의 둘째 아들인 조○을 추천합니다"고 말했다. 그러자 재단 감사 김모씨가 "이사장과 가까이 있는 사람으로 이사장님이 추천했으니 별 무리가 없다고 봅니다"며 찬성했고, 다른 이사들도 동의한 것으로 회의록엔 나온다.
이 이사회로부터 열흘 전인 그해 10월 31일, 조 후보자 동생이 설립해 대표이사로 있던 '코바씨앤디'라는 회사와 조 후보자 동생 아내가 웅동학원을 상대로 51억원 규모의 공사 대금 채권 청구 소송을 냈다. 이사회 개최는 조 후보자 동생 측이 웅동학원을 상대로 소송을 낸 바로 그날, 이사들에게 통지됐다.
당시 회의록에는 조 후보자가 2007~ 2008년에만 최소 두 차례 웅동학원 이사회에 참석하고 의결에도 참여한 것으로 나온다. "조 후보자는 웅동학원 운영에 관여하지 않았다"는 지난 23일 법무부 해명과는 달랐다.