종합부동산세는 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 주택, 종합합산토지 및 별도합산토지의 공시가격의 합계액(A)에서 유형별 공제금액(B·주택 6억원, 1세대 1주택 9억원, 종합합산토지 5억원, 별도합산토지 80억원)을 차감한 금액에서 공정시장가액비율(C·80%)를 곱한 금액을 과세표준(D=(A-B)XC)으로 한다.
그리고 과세표준에 종합부동산세 세율(E)을 곱하면 종합부동산세액(F=DXE)이 계산되며 여기에 재산세상당액(G)를 차감하면 산출세액(H=F-G)이 된다.
또 1세대 1주택자인 경우 장기보유공제(I.5년이상 20%,10년이상 40%)와 연령별공제(J.만60세이상 10%,만65세이상 20%,만70세이상 30)를 공제해주며,세부담상한초과세액(K.직전년도 재산세와 종합부동산세 합계액의 150%를 초과하는세액)을 공제하면 종합부동산세 납부세액(L=H-I-J-K)이 최종적으로 계상된다. 여기서 주의할 점은 주택, 종합합산토지, 별도합산토지별로 종합부동산세를 각각 계산해야 한다. 그리고 종합부동산세의 20%를 농어촌특별세로 추가로 납부해야 한다.
