2003년 2월 출범한 노무현 정권은 1년 가까이 온갖 사회적 갈등으로 몸살을 앓았다. 화물연대, 철도노조, 전교조 등의 파업이 줄을 이었다. 방사성폐기물처리장(방폐장)과 천성산 터널 등 기간 시설 건설과 환경 문제가 충돌하는 일도 빈발했다. 노무현 정부는 각종 분규 뒤치다꺼리에 휘청이는 모습이었고, "아마추어 정부"라는 혹평까지 들었다. 문재인 후보는 이때 민정수석으로 이런 현안에 모두 개입했던 인물이다.
노 정부는 출범 때부터 '친노(親勞)' 성향으로 분류됐다. 당시 내각 구성에도 친노동 성향 인사가 많이 배치됐다. 노 전 대통령은 당선자 시절 조흥은행 지분 매각을 놓고 직접 조흥은행 노조 대표를 만나기도 했다. 그러나 기대가 커진 탓인지 노조 측은 과거보다 더 자주 파업했다. 기업 대표가 아닌 청와대를 상대하려는 모습도 보였다.
문 후보는 2003년 화물연대 파업과 철도노조 파업, 나이스(NEIS·교육행정정보시스템) 도입에 대한 전교조의 반발 등을 모두 주관했다. 그러나 결과는 모두 실패였다. 무른 대응으로 파업 장기화 구실을 제공한다는 말을 들었다. 문 후보는 저서 '운명'에서 "결과적으로는 노동 분야에서 개혁을 촉진한 게 아니라 거꾸로 개혁 역량을 손상한 측면이 크다고 생각한다"고 썼다.
천성산 터널 문제도 사회적 비용을 크게 지불한 사건이었다. 환경 운동가인 지율 스님이 "터널이 뚫리면 천성산에 사는 보호 동물인 도롱뇽이 살지 못하는 등 생태계가 파괴된다"며 2003~2004년 4차례에 걸쳐 부산시청과 청와대 앞에서 단식에 들어갔다. 이때 문 후보는 여러 차례 스님을 찾아가 만류하고 설득했다.
환경 단체 등은 2003년 10월 공사 금지 가처분 신청을 냈고, 대법원이 2006년 6월 2년 8개월 만에 공사 재개를 최종 결정했다. 당시 건설교통부 평가로 1년간 공사가 중단되면 사회·경제적 손실이 2조5000억원에 이르는 것으로 추산됐다. 일각에서 "도롱뇽 살리려다 국론만 분열된다"는 비난이 나왔다. 2009년 대법원은 지율 스님의 업무 방해죄를 인정했고, 2010년 11월 천성산 원효터널이 완공됐다. 공사가 끝나고 조사해보니 도롱뇽은 그대로 살아있는 것으로 나타났다.
전북 부안 방폐장 유치를 둘러싼 갈등도 문 후보가 다뤘던 이슈다. 부안군수의 방폐장 유치 추진은 결국 주민 반발로 무산됐으나, 그 과정에서 큰 폭력 충돌이 발생했다. 당시 청와대는 보상책 지원 규모를 늘리는 것으로 해결하려다 낭패를 봤다. 문 후보는 '운명'에서 "부안 주민에게 남긴 상처가 너무 컸다. 참으로 송구스러운 일이었다"고 했다. 노무현 정부의 한 관계자는 "청와대가 할 일과 주무 부처가 할 일을 구분하지 못해 좌충우돌하는 경향이 있었다"며 "문재인 후보는 당시 수석으로 거의 전권을 위임받다시피 했기 때문에 특히 더 큰 비난을 받았다"고 말했다.
