군 당국은 제주 해군기지가 우리 경제의 젖줄인 해상 교통로와 제주 남쪽 해역의 해양자원을 보호하기 위해 꼭 필요하다는 입장이다.
제주도 남방해역의 대륙붕에는 석유·천연가스 등 230여종의 지하자원이 매장돼 있고, 이 중 제주 서남해 지역의 천연가스 및 원유 매장량(추정치)은 72억t에 달한다. 제주 남부 동중국해의 원유 매장량은 100억~1000억 배럴로 추정되고 있다. 국가 생존권 차원에서 이 지역에 대해 해군이나 해경의 함정이 출동해 항상 감시할 필요가 있는 것이다.
또 원유의 경우 100%가 제주 남방해역 해상 교통로를 통해 이동하고 있다. 우리나라 수출입 물량의 99.7%가 해상교통로로 이동하는데 그중 대부분이 제주 남방해역 항로를 이용한다. 우리 경제 구조상 15일 이상 해상이 봉쇄되면 국가 경제가 파탄에 직면하기 때문에 제주도에 해상교통로를 보호할 대형 함정을 배치할 필요가 있다는 것이다.
이어도 등에서 중국 등 주변국과 해양 분쟁이 일어날 경우에 대비하는 측면도 있다. 이어도에서 상황이 발생했을 때 제주 기지는 부산 기지에 비해 대응거리는 327㎞, 이동시간은 14시간 30분(시속 22㎞기준)을 단축시킬 수 있다.
해군은 이미 동해(1함대), 평택(2함대), 목포(3함대), 부산(작전사령부) 기지를 운용 중이다. 기존 기지는 일정 해역을 책임지는 함정들이 배치된 곳으로, 주변국과의 해양 분쟁에 대비하고 해상 교통로를 보호하는 기동 전단(戰團)을 수용하는 것은 한계가 있기 때문에 별도 기지로 제주 해군기지를 건설해야 한다고 군 당국은 밝히고 있다.