이 밖에 농작물재해보험(자연재해로 농작물이 피해를 입는 경우에 대비한 보험), 송아지생산안정제(한우 송아지 값이 일정 수준 이하로 내려가면 차액을 지원하는 제도) 등도 사실상 직불금에 해당된다. 영유아 양육비 지원, 영농 도우미 지원 등도 농민 복지 차원의 직불금으로 볼 수 있다.

이들 직불금 성격의 제도들은 대개는 별 탈 없이 운영되고 있지만, 일부 직불금의 경우 부당 수령, 이중 수령 등의 폐해를 일으킬 수 있다고 전문가들은 지적한다. 국책 연구기관의 A박사는 "많은 농민을 상대로 현금을 나눠주는 직불금의 경우 30% 안팎의 리크(leak·누수)가 있을 수 있다는 보고가 있다"고 말했다.

감사원의 2006년 쌀 직불금 감사에 따르면 직불금을 받을 자격이 없는데 받거나 자격은 있는데 못 받은 액수가 2751억원으로 추산됐다. 같은 해 지불된 쌀 직불금 총액(1조1539억원)의 24% 정도가 잘못 집행된 셈이다. 농식품부에 따르면 산골 마을이나 섬 마을 등 농사에 어려움이 많은 지역에 주는 '조건 불리지역 직불금'의 경우 일부 지역 이장이 마을 주민 12명과 야산에 농사를 짓는 것처럼 허위 서류를 꾸며 8200만원을 타내는 등 12억2800만원이 잘못 지급됐다가 적발되기도 했다.