공공기관 305곳 중 171개(56%) 기관이 직원(임원 제외) 1인당 평균 연봉이 5000만원을 넘는 것으로 나타났다. 이중 3개 기관은 9000만원을 넘었고 7000만원을 넘는 기관은 전체의 10% 가까운 30곳에 이르렀다. 일반 근로자의 평균 연봉은 약 3194만원(5인 이상 사업체 평균 임금총액 기준)이다.

24일 기획재정부가 한나라당 고승덕 의원에게 제출한 자료에 따르면, 증권예탁결제원 직원들은 지난해 1인당 평균 9677만원의 보수를 받았다. 이 기관은 지난해 사업비로 쓴 돈(235억 900만원)보다 인건비로 쓴 돈(430억9900만원)이 두 배 가까이 많았다.
최근 민영화 대상으로 꼽히고 있는 한국산업은행의 직원 평균 연봉이 9296만원, 코스콤이 9185만원 등으로 연봉 순위 2,3위를 기록했다. 산업은행 관련 기관인 산은캐피탈이 8917만원으로 4위, 금융감독원은 8784만원으로 5위였다. 산업은행은 지난해 기관장 업무추진비로 9100만원을 쓴 것으로 나타났다.

이밖에 중소기업은행, 한국수출입은행 등 국책 은행과 한국전기연구원, 한국전자통신연구원 등 연구기관이 주로 평균 연봉 상위 20위안에 들었다. 연봉 상위 20개 기관 중 한국전자통신연구원 등 6개 기관은 작년에 적자를 냈고, 절반 이상(11개 기관)이 최근 5년간 한 번 이상 적자를 낸 바 있다. 작년에 직원 1인당 8372만원의 연봉을 지급한 한국전자통신연구원은 같은 해 141억1200만원의 적자를 냈다. 직원 평균 연봉 7720만원으로 16위를 기록한 한국원자력연구원은 최근 5년간 흑자를 내 본 적이 없었다. 한국전자통신연구원 관계자는 "장부에 적자가 나오는 것은 영리기업에 쓰는 회계처리기준을 비영리 기관인 연구원에도 같이 적용하다 보니 생기는 회계상의 문제에 불과하다"고 했다.