이명박 대통령은 12일 긴급 관계 장관회의를 주재한 자리에서 "이번(금강산 관광객 피격사망) 사건이 현대아산측에 의해 통일부에 보고되고, 청와대 관련 비서관을 통해 대통령인 나에게 보고되는 데 무려 2시간 이상이 걸린 것은 정부 위기대응시스템에 중대한 문제가 있음이 확인된 것"이라고 질책했다. 현대아산이 11일 오전 11시30분 통일부에, 통일부가 11시40분 청와대에 보고했으나 이 대통령 자신은 오후 1시30분쯤 보고받은 것을 문제 삼은 것이다. 청와대 관계자는 "질병에 의한 사망이라는 합참 보고가 있어서 혼선이 있었고 (정확한 사망원인을) 확인하는 데 시간이 걸렸다"면서 "어찌됐든 이 대통령이 보고받는 데 2시간이 걸렸다고 하면 사정이 있다고 하더라도 국민들 보기에 납득이 되겠느냐"고 했다.

청와대와 정부 관계자들은 정확한 진상파악에 시간이 걸린다 해도 금강산 관광객이 사망했다는 1보마저 이 대통령에게 즉각 전해지지 않은 것은 문제라고 자인했다. 청와대 관계자는 "이 대통령이 1보가 없었다는 점도 지적했다"면서 "관계자들이 통상적인 행정마인드로 대응한 것이 아닌가 하는 생각이 든다"고 했다. 특히 11일은 새로운 대북제안을 담은 이 대통령의 국회 개원 연설 일정이 잡혀 있었던 만큼 대북 관련 사안인 이번 사건에 대한 1보가 더욱 필요한 시점이었다. 그러나 11일 청와대의 한 관계자는 보고가 늦어진 데 대해 "점심시간도 있고…"라고 말해 안이한 현실인식을 드러내기도 했다.

국정원과 군당국의 대북 정보 파악 능력의 부재도 이번에 드러났다는 지적이다. 북한이 현대아산측에 11일 오전 9시20분쯤 이번 사건을 통보한 후 2~3시간이 지나도록 동해선 CIQ(출입사무소) 경계를 책임지고 있는 군당국과 대북 종합 첩보망을 갖추고 있는 국정원이 아무런 정보를 보고하지 못한 것으로 전해졌다. 게다가 청와대는 이명박 정부 출범 초기 NSC를 폐지하면서 상황실도 임시조직으로 축소 운영하고 있어, 상황실이 제 기능을 발휘하지 못한 것으로 전해졌다.

청와대가 이번 사건에 대한 보고를 받고 관계부처 회의를 즉각 소집하지 않은 것도 납득하기 어려운 대목이다. 이 대통령은 사건 하루 뒤인 12일 긴급 관계 장관회의를 주재했고, 김성환 외교안보수석도 안보정책실무조정회의를 12일에야 소집했다.

청와대 관계자는 13일 "이번 사건이 발생했을 때 관련된 정부 인사들끼리 회의를 하는 등 유기적인 시스템적 대응이 부족했다는 점을 인정한다"면서 "청와대와 관계부처가 개선안을 만들고 있다"고 했다. 이 관계자는 "보고가 늦어진 것은 변명의 여지가 없는 잘못"이라며 "질책받아 마땅하다"고 했다.