서울대와 학생들은 운행구간 단축 방안에 대해 강력 반발하고 있다. 서울대 총학생회는 최근 노선단축 반대 성명을 내고 "교문에서 학생회관까지 걸어서 15분 이상 걸리고, 관악산 신공학관까지는 40분이 넘게 걸려 등·하교 시간에는 오히려 시내버스 편성을 늘려야 한다"며 "시내버스가 들어오지 않으면 승용차 운행이 늘어 대기오염도 오히려 심해질 것"이라고 말했다.

이에 대해 서울시의회 이남형 교통위원회 부위원장은 "대학 캠퍼스 안은 셔틀버스 위주로 운행하면 되고, 시내버스는 등·하교 시간을 제외하면 거의 빈 차로 교내를 오가고 있다"며 "다른 대학과의 형평성을 고려해도 서울대에만 캠퍼스 내부에 시내버스 운행편의를 제공하는 것은 명분이 부족하다"고 말했다.

서울시는 쉽게 결정을 내리지 못하고 있다. 학생, 교직원, 등산객 등 이용객 대부분이 서울시민인데다 실제로 노선의 적자 폭도 그리 크지 않기 때문이다. 서울시 김정선 버스정책담당관은 "서울대 캠퍼스 내 셔틀버스 운행이 활성화될 경우 일부 노선버스의 교내 진입을 중단하더라도 큰 불편은 없을 것"이라며 "서울대측과 교내 셔틀버스 배차간격을 단축하는 방안에 대한 협의를 거친 뒤 시내버스 운행구간 단축여부를 결정할 계획"이라고 말했다.