노무현 정부가 전국 각 지방마다 성장 거점을 만들겠다며 시작한 '전국적 신도시 사업'이다. 각 지방의 혁신도시마다 서울·수도권에 있는 공기업들을 이전시키는 것을 핵심으로 하고 있다.

2006년부터 사업이 본격 추진됐으며, 2007년 2월 '혁신도시 개발 및 지원을 위한 특별법'이 제정·시행되면서 가속화됐다. 부산·경북·전북·강원·충북 등 전국 10개 권역에 하나씩 혁신도시가 들어서는데, 현재 대부분 토지 보상이 거의 끝났거나 이미 착공했다.

노무현 정부는 혁신도시 공동화를 우려, 공공기관 이전을 통해 이 도시를 발전시켜간다는 계획을 세웠다. 이에 따라 2012년까지 공기업 등 대부분의 공공기관을 각 지역 혁신도시로 이전시키기로 했다. 가령 경남 혁신도시는 대한주택공사, 중소기업진흥공단, 국민연금관리공단, 한국남동발전 등을, 광주·전남 혁신도시는 한국전력, 한국농촌공사, 한국전파진흥원 등을 이전시키는 식이다.

노무현 정부는 혁신도시가 ▲공공기관 정착 단계(2007~2012년) ▲산·학·연 정착단계(2013~2020년) ▲혁신 확산단계(2021~2030년) 등 3단계를 거쳐 자리잡을 것으로 전망했다. 이전 공공기관과 연관 기업 종사자들 중심으로 도시가 출발하되, 민간기업이나 연구소 종사자 등이 가세하면 이후 도시가 자생적으로 확산돼 나갈 것이란 예상이었다. 이를 통해 초기 2만명 정도였던 각 혁신도시 인구가 5만명까지 늘어날 것으로 봤다.

하지만 공기업 이전 문제는, 해당 기업 노조의 반발은 물론 현 정부가 공기업 경쟁력 제고와 경영 효율 증대를 위해 추진 중인 민영화 문제와 상충된다는 점에서 앞으로 혁신도시 추진이 새로운 국면을 맞을지도 모른다는 관측이 일부에서 나오고 있다.