노무현 대통령의 5년은 집권 초부터 인사파동의 연속이었다. 노 대통령은 집권 한 달 만인 2003년 3월 25일 경향신문 편집국장 출신인 서동구씨를 KBS 사장에 임명했다. 서씨는 대선 때 노무현 후보 선대위의 '언론고문'을 한 사람이었다. KBS 노조는 서씨가 방송 경험이 없고, 선대위 출신인데다 노 대통령의 후원회장인 이기명씨와 고종사촌 관계인 점 등을 들어 출근거부 투쟁을 벌였다. 노 대통령은 나중에 자신이 세 번에 걸쳐 직접 권유했다고 밝혔다. 결국 서씨는 임명 11일 만인 4월 5일 물러났다.

2003년 9월 윤성식 고려대 교수를 감사원장에 지명했다가 국회에서 인준 거부당한 일은 거의 '수모'에 가까웠다. 윤 교수는 노 대통령의 대선 자문교수 출신으로 대통령직인수위원으로도 활약했던 사람. 정부 혁신 분야 전문가로 노 대통령의 정부개혁 분야 설계자이기도 했다. 그러나 국회는 9월 26일 표결에서 재석 229명 중 찬성 87표, 반대 136표, 기권 3표, 무효 3표로 무려 49표 차이로 부결시켰다. 헌정 사상 처음인 감사원장 인준거부 사태였다. 이날 표결 결과는 그 직전 김두관 행자부장관에 대한 국회의 해임건의를 노 대통령이 감정적으로 처리한 영향도 적지 않게 받았다. 노 대통령은 9월 3일 국회가 김 전 장관에 대한 해임건의안을 통과시키자 국회를 맹비난하면서 버텼다. "호락호락 받아들이지 않겠다"면서 "그야말로 국정이 시끄럽게 될 때 (해임 여부를) 고려하겠다"까지 했다. 그러나 결국은 받아들일 수밖에 없었다.