이에 대해 이명박 정부가 '언론사찰'을 하는 것 아니냐는 지적이 제기되자, 인수위는 재빨리 조기 차단에 나섰다. 이동관 인수위 대변인은 "있을 수 없는 일이 일어났다"며 "언론 자유는 자유민주주의의 근간이라는 당선인의 의지에 정면 배치되는 것으로 인수위 내부에서 이런 일이 발생한 것은 깊은 유감"이라고 말했다. 이경숙 인수위원장도 이날 "스스로 회초리를 맞는 마음으로 깊이 반성한다. 당선인과 국민께 송구하다"고 사과했다. 인수위는 곧바로 박 국장의 인수위 전문위원 직위를 박탈하고, 문화부장관에게 엄중 징계토록 요구했다. 또 11일 이메일로 도착한 언론사 간부 등에 대한 신상명세 자료도 즉각 폐기하기로 했다.

이 대변인은 한편, 이번 사건에 대해 "박 국장이 '자문위원 추천용'으로 쓰기 위해 벌인 일로, 개인적인 돌출행동이었다"며 인수위와는 무관함을 강조했다.

하지만 과연 공무원으로 파견 나온 인수위 전문위원이 인수위 측의 지시 없이, 출근 하루 만에 독자적으로 언론사 간부들에 대한 대규모 성향조사를 지시했겠느냐는 의혹도 일고 있다. 파문이 확대되자 인수위 측은 13일 또다시 브리핑을 갖고 "박 국장이 독자 적으로 한 일"이라고 말했다.