‘법률적·제도적 장치의 정비’ 합의도 구체적인 내용을 담은 것은 아니지만 논란의 여지가 많다는 지적이다. 대북 전문가들은 이 합의는 대남 적화를 규정한 북한의 노동당 규약의 개정과 남한의 국가보안법 폐지를 ‘맞교환’하는 것을 염두에 둔 것으로 보인다고 말했다. 그런데 간첩행위 등을 처벌하는 국가보안법과 단지 선언적 규정에 불과한 노동당 규약을 맞바꾸는 것은 문제가 있다는 지적이다.

박재규 전 통일부장관은 “북핵 문제가 아니라 ‘한반도 핵 문제’라고 쓴 것 때문에 잘못하면 앞으로 핵 폐기 단계에서 복잡해질 수도 있다”고 말했다. 그동안 장관급회담 합의문에는 이 문제를 ‘한반도 비핵화’로 표현했다. 북한이 앞으로 ‘한반도 핵 문제’라는 표현을 근거로 남쪽에 있는 관련 핵시설, 미군의 핵우산 등을 모두 포함하는 개념이라고 꼬투리를 잡고 늘어질 수도 있는 문제라는 것이다. 남한 내에 배치된 주한미군의 핵무기가 1991년 모두 철수해 현재는 전무(全無)한 상태이지만 북한은 아직도 남한에 핵무기가 배치돼 있다고 주장하고 있다.

‘협력사업’이란 표현에 문제가 있다는 지적도 나왔다. 서재진 통일연구원 연구위원은 “상당히 돈이 많이 들어가고 우리가 일방적으로 지원하는 부분까지 ‘협력사업’이라고 분식(粉飾) 처리했다”며 “좀 더 직접적인 표현을 썼어야 나중에 문제가 안 생긴다”고 말했다. 선언문에는 예를 들어 ‘농업, 보건의료, 환경보호 등 여러 분야에서 협력사업을 진행해나가기로 했다’는 표현이 있다.

이 밖에도 제성호 중앙대 교수는 “선언문에 1991년 말 남북 간에 채택된 남북기본합의서에 대한 언급도 전혀 없어서 이를 사장시키는 북한의 전략에 동조하는 모양새를 보였다”고 지적했고, 류길재 경남대 교수는 “1항에 외세 배제를 의미하는 ‘우리민족끼리 정신’을 넣은 것은 적절하지 않았다”고 말했다. 유호열 교수는 “남북 정상이 수시로 만나 현안을 협의하기로 한 합의도 ‘정례화’가 아니라 김정일 위원장의 교차방문 의무를 면제시켜 준 합의”라고 말했다.