2006년 7월 5일 오전 3시32분 미국의 정보위성은 북한이 대포동 2호 미사일을 시험발사한 것을 포착했다. 주일 미군은 이 정보를 즉각 일본 자위대에 알렸고, 20분 후 고이즈미 준이치로(小泉純一郞) 총리에게 보고됐다. 일본 정부는 고이즈미 총리의 지시에 따라 비상경보를 발령하고 관계 장관들을 소집했다.
이후 일본 정부는 2차례 안전보장회의와 6차례 관계 장관 기자회견 등을 통해 사태에 대한 정확한 정보와 대응태세를 국민에게 알렸다. 일본 정부가 이처럼 기민한 위기관리 능력을 보여준 것은 1998년 9월 31일 북한이 대포동 1호 미사일을 시험발사했을 때 우왕좌왕하는 등 제대로 대응하지 못했던 점을 교훈 삼아 그 동안 철저하게 대비했기에 가능했다.

특히 북한의 미사일 사태에 미국과 일본이 긴밀하게 협력했다는 점도 간과할 수 없는 대목이다. 당시 토머스 시퍼 주일 미국대사가 총리관저에서 열린 관계 장관 대책회의에 참석했던 것은 양국의 돈독한 협력관계를 입증한다고 말할 수 있다. 양국은 당시 북한 미사일 발사에 대비, 각종 첨단 장비를 동원해 24시간 공동감시 체제를 운영했다. 주일 미군과 자위대는 합동으로 미사일을 추적했다.
일본 아오모리(靑森)현 항공자위대 기지에 배치된 미군의 이동식 조기경보 레이더인 X밴드 레이더를 통해 탐지된 정보는 양국이 동해에 배치한 이지스함에 전달됐다. 북한 미사일이 발사되자 해상자위대의 이지스함이 미 해군 이지스함과 함께 미사일 궤도를 추적해 탄착점을 찾아내는 등 공동작전을 펼쳤다. 이때 북한 미사일에 대한 대응조치는 당시 아베 신조(安倍晋三) 관방장관이 총괄했다.

고이즈미 총리 때보다 더욱 강경한 대북정책을 펴고 있는 아베 총리는 일본 전역을 미사일 공격으로부터 방어할 수 있는 요새로 만들고 있다. 이에 따라 미국과의 협력으로 일본 곳곳에 미사일방어(MD) 체제가 구축되고 있다. 일본 정부는 지난 3월 30일 일본을 목표로 날아오는 탄도 미사일을 요격할 수 있는 지대공 패트리어트-3(PAC-3) 미사일을 사이타마(埼玉)현 항공자위대의 이루마(入間) 기지에 배치했다. 일본 자위대에 PAC-3 미사일 시스템이 배치된 것은 이번이 처음이다.

이루마 기지의 PAC-３는 2개의 발사대로 구성됐다. 발사대 1대당 최대 16기의 미사일 탑재가 가능한 점을 감안하면 총 32기의 미사일이 배치된 셈이다. 도쿄 등 수도권 방어를 주목적으로 하며, 필요에 따라 다른 자위대 시설에 이동시키는 방안도 검토 중이다. 특히 방위성은 도쿄의 왕궁 앞 광장, 히비야(日比谷)공원, 기타노마루(北の丸)공원 등에 미사일 요격장치를 배치하는 방안을 검토하고 있다. 이들 지역은 의회와 총리실, 주요 부처와 기관들을 방어하는 데 효과적인 데다 국ㆍ공유지여서 토지 임차에 따른 문제도 피할 수 있다.

일본 정부는 당초 이루마 기지의 배치를 2008년 3월 말로 예정했으나 북한의 미사일 시험발사로 1년을 앞당겼다. 방위성은 이번 배치에 이어 오는 2010년까지 수도권, 나고야, 교토, 오사카, 고베 등 대도시 주변 전국 16개 지역에도 PAC-3 발사기와 레이더 등을 배치할 계획이다. 미쓰비시 중공업은 2008년부터 일본에 배치되는 PAC-3를 라이선스 생산할 예정이다. 이와 별도로 현재 보유 중인 최첨단 구축함 곤고(金剛ㆍ7250t)급 이지스함 4척에도 2010년까지 해상배치형 요격 미사일(SM-3) 탑재 작업을 완료할 계획이다. 일본 정부는 우선 연말까지 차세대 아타고(愛宕ㆍ7700t)급 이지스함 1척에 SM-3를 탑재할 방침이다. 이와 관련해 일본 정부는 미사일 요격 시스템 확충을 위해 5800억엔(약 4조8600억원)을 예산에 반영했다.

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